Producto de la gestión desarrollada por el Departamento de Auditoría Interna, se emiten informes en forma periódica, dentro de los cuales, algunos son reportados  a los organismos de control externo y a los directivos del Fondo, dentro de los cuales destacamos los siguientes:  

1. Medición Estado de Avance del Modelo Estándar de Control Interno - MECI , artículo 2.2.23.3,  Decreto 1083 de 2015, con destino al Departamento Administrativo de la Función Pública y al Comité de Auditoría.
2. Informe Anual de Evaluación del Sistema del Control Interno Contable, con destino a la Contaduría General de la Nación, la Comisión Legal de Cuentas de la Cámara de Representantes, la Dirección del Fondo y al Comité de Auditoría.
3. Informe anual de verificación de normas de Derechos de Autor sobre Software, Circular 017 de 2011, con destino a la Unidad  Administrativa Especial Dirección Nacional de Derechos de Autor.
4. Informe Semestral sobre el Sistema Único de Información Jurídica de Gestión del Estado, artículo 2.2.3.4.1.14 del Decreto 1069 de 2015, con destino a la Agencia Nacional de Defensa Jurídica del Estado.
5. Informe Semestral de Derechos de Petición, Quejas y Reclamos, artículo 76 de la Ley 1474 de 2011, con destino a la Dirección del Fondo.
6. Informe Semestral de Evaluación Independiente del Estado del Sistema de Control Interno, artículo 14° de la Ley 87 de 1993, con destino a la Dirección del Fondo y para publicación en la página web.
7. Informe de seguimiento trimestral al Programa de Transparencia y Ética Pública - PTEP, Decreto 1122 de 2024, para publicación en la página web del Fondo.
8. Informe Trimestral sobre Austeridad y Eficiencia del Gasto Público, artículo 1.º del Decreto 984 de 2012, con destino a la Dirección del Fondo.
9. Reporte de posibles actos de corrupción o irregularidades administrativas, con destino a la Secretaría de Transparencia y Presidencia de la República; Directiva Presidencial 01 de 2015.
10. Reporte sobre hechos u operaciones que evidencien un riesgo inminente de afectación o pérdida de recursos públicos, con destino a la Contraloría General de la República a través del Sistema de Alertas de Control Interno – SACI; Circular Conjunta 001 de 2021.
11. Informe de Acciones Cumplidas – Circular 15 de 2020, con destino a la Contraloría General de la República y para publicación en la página web del Fondo.

Los informes de gestión emitidos por el Departamento de Auditoría Interna, así como los de  cumplimiento de acuerdo con la normatividad vigente, están a disposición de la ciudadanía en general para su  consulta en las instalaciones del Fondo y/o por medio de la página web.